本发明涉及一种能去除高重金属含量水体中的重金属的小球藻，所述小球藻于2017年2月22日保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏号为CCTCC NO:M2017058。本发明的小球藻W3对培养水体中的重金属离子具有高度的耐受性，在含有高重金属含量的水体中生长时，对Zn，Ni，Co，Cr均有很高的去除率，并且对Co的去除率高达82％左右，对Zn和Cr的去除率均在90％以上，远高于目前大多数用于去除重金属的微藻对Co、Zn和Cr的去除效率，因此特别适用于处理Co、Zn、Cr含量较高的污染水体。除此之外，在去除重金属的同时，本发明的小球藻W3还能去除水体中的N、P等营养物质，防止水体富营养化的危险。