本发明涉及一种降解微囊藻毒素的方法，包括将从枯草芽孢杆菌MCS1提取的可降解微囊藻毒素的组合物加入含有微囊藻毒素的水体中并孵育的步骤，所述枯草芽孢杆菌MCS1于2017年6月26日保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏号为CCTCC NO:M2017381。通过本发明的方法可提高使用枯草芽孢杆菌MCS1制备的可降解微囊藻毒素的组合物在降解水体中的微囊藻毒素时的效率，净化水质，防止水环境恶化，保护水体生态。