本发明涉及一种基于多个转录组数据集整合与药物靶标信息的重定位药物发现方法，包括以下步骤：步骤1：针对任一疾病，从开放组学数据库中获取含有表型信息的多个转录组数据集；步骤2：通过统计分析方法计算各转录组数据集中各基因与表型的关联度统计量，并将关联度统计量进行定量合并得到合并值；步骤3：构建系统生物学网络；步骤4：通过节点排序算法计算各基因的重要性评分；步骤5：获取待测药物的靶基因列表；步骤6：通过统计检验分析待测药物靶基因的重要性；预测待测药物是否为重定位药物。本发明原理清晰、高效、成本低、适用广，可用于各类疾病尤其是恶性肿瘤重定位药物的筛选与研发。